دانشگاه غرجستان در سال 1389 به همت جمعی از تحصیل‌کردگان کشور که دارای تحصیلات دکتری و ماستری‌اند، با گرفتن جواز رسمی از وزارت تحصیلات عالی افغانستان تأسیس شد. در ساختار اداری دانشگاه، مدیریت عالی بر عهده هیئت مؤسسان است که بیشتر آن‌ها کادر علمی دانشگاه هستند.

اهداف
دانشگاه غرجستان با شعار «تحصیلات عالی برای همه»، سه هدف اساسی را در آموزش عالی کشور دنبال می‌کند:

  1. فراهم‌سازی شرایط تحصیلات برای همه علاقه‌مندان و متقاضیان تحصیلات عالی.
  2. گسترش تحصیلات عالی به ولایت‌ها.
  3. توسعه دامنه و سطح تحصیلات عالی با راه اندازی رشته‌های مختلف مورد نیاز و نیز تحصیلات تکمیلی دوره‌های ماستری و داکتری.
    در راستای نیل به هدف اول، دانشگاه با کاهش فیس تحصیلی تا کم‌ترین حد ممکن، فرصت بهره‌مندی از تحصیلات عالی معیاری را برای تمامی علاقه‌مندان فراهم کرده است. فیس تحصیلی رشته کامپیوتر ساینس، سمستروار 18000 افغانی و برای رشته‌های حقوق، علوم سیاسی، روابط بین‌الملل، اقتصاد، مدیریت و جامعه شناسی 11500 افغانی تعیین شده است که این هزینه طی دو قسط دریافت می گردد.
    برای تحقق هدف دوم، دانشگاه در دومین سال فعالیت، اولین شعبه فرعی خود را در ولایت فراه راه اندازی کرد. این شعبه اکنون با چهار دانشکده حقوق و علوم سیاسی، اقتصاد تجارتی، انجنیری و کامپیوتر ساینس، ششمین سال فعالیت موفقیت‌آمیز خود را سپری کرده است. افتتاح شعبه‌های دانشگاه در سایر ولایات کشور نیز در دست اقدام‌اند.
    دانشگاه، هدف سوم را با ارزیابی کارشناسانه‌ی رشته‌های مورد نیاز جامعه و اقدام برای راه‌اندازی رشته‌های مختلف تحصیلی و نیز تلاش برای برگزاری مقطع ماستری، به پیش می‌برد. در این زمینه پیشنهاد رشته‌های طب معالجوی، قابلگی، انجنیری برق و سیویل، زبان و ادبیات انگلیسی و زراعت در اولویت قرار دارند.